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噶尔丹很愤怒，认为这是对噶尔西勒图的侮辱，盟后分别致书质问清廷和哲布尊丹巴。这倒不是做作，其早年在西藏做过僧侣多年，对宗教很是虔诚，与桑结嘉措关系也很不错，政治上相互依傍。清廷对此未知可否，而哲布尊丹巴和其兄土谢图汗察珲多尔济却联名给噶尔丹写了一封轻蔑之信，彼此梁子结得更深了。
其后察珲多尔济不仅违背盟逝，没有归还所收全部逃众，还准备向札萨克图汗沙喇（成衮会盟前已逝，此乃其子）动武，势力较弱的沙喇唯有进一步加强与噶尔丹的联盟，做好准备，这边厢察珲多尔济也是磨刀霍霍，双方大战一触即发。
与现在通常看到的不一样，战争并不是噶尔丹挑起的。康熙二十七年（1688）正月，察珲多尔济率兵1万攻入札萨克图部执杀了沙喇，他的同盟者罗布藏衮布拉布坦深入准噶尔腹地抓走了部分卫拉特人。噶尔丹起初还不了解情况，派其弟多尔济扎卜率400来人前往沙喇处，欲取得联系，结果自投罗网，被察珲多尔济杀害。
康熙得知情况后，力图平息争端，就像上次会盟，结果还是徒劳，箭已在弦上，岂能不发？况唯一能够影响噶尔丹的西藏方面（以后细表）还对康熙阳奉阴违，表面答应劝解，暗中却大力支持呢。
初次东征凯旋归
五月中旬，噶尔丹率兵3万自科布多西北，进攻喀尔喀，击败右翼后，再沿杭爱山，至左翼土谢图部，他老冤家的大本营。六月，击溃察珲多尔济长子噶尔丹多尔济所率的1万军队。随即兵分两路。其弟杜噶尔阿拉布坦、侄丹津鄂木布等带7000人往攻额尔德尼召，紧跟着追击南逃的哲布尊丹巴。而他本人亲率主力大军，向东挺进，攻掠克鲁伦河的车臣汗牧地，继而回师土拉河畔。
八月三日，噶尔丹终于同他的最大对手察珲多尔济，大决战于鄂罗会诺尔，三日搏杀，察军大败崩溃，自此喀尔喀再也无力抵抗了。
噶尔丹的卫拉特铁骑纵横驰骋，所向无敌，喀尔喀部众惊慌南逃，不顾大清的设卡防守，纷纷涌进漠南蒙古境内，清军驱之不出，其中就有哲布尊丹巴。
恰于此时，噶尔丹遇到中俄谈判代表索额图（见沙俄篇）部下海三代，通过他致书康熙：“倘哲布尊丹巴往投皇上，或拒而不纳，或擒而畀我”（见《平定朔漠方略》卷4）。
由于喀尔喀并非大清所属，如何处置逃难而来的部众，不仅是清喀之间的事，也关系到清准下一步如何面对的问题。康熙与大臣们进行了认真商讨，最后当然又是他力排众议，圣明地决定妥善予以安置，并收归大清所属，此乃喀尔喀正式归附的前奏，实际上也把噶尔丹放在了敌对的一方。
当然这样做是值得肯定的，清朝多了一块大疆域不说，噶尔丹要真是合准喀于一体，不见得有侵吞中原之志，骚扰边境还是难免的，游牧民族之天性也，除非像东蒙古这等已然衰落又被宗教软化的。
噶尔丹索仇敌未成，也未继续行动，没有丝毫证据可证他有南下企图，甚至有与清军一战之打算。十月十七日，打败喀尔喀的噶尔丹，主动返回大本营科布多，整顿休养，第一次东征完胜结束，人生达至辉煌的巅峰。
很多事观全貌方知真相，这里所以详细介绍噶尔丹东征，以后也是，目的就在此。喀尔喀之战前因无须再重复了，从中起码能看出噶尔丹也非无理取闹的征服者吧，察珲多尔济的责任还要更大一些，这场大战的最直接发动者其实是他，双方不存在谁正义，谁侵略，各为其利也，带着有色眼镜看噶尔丹，不公平。
至于是否联俄打击喀尔喀，应该清楚了吧。与清廷最后尼布楚谈判的俄使戈洛文（参见沙俄篇），1686年元月从莫斯科出发，第二年抵达土谢图部的色楞格斯克，并从察珲多尔济手中夺取了它。喀尔喀中实力最强的察珲多尔济却干了什么呢？外有强敌，还在那搞窝里斗，不被打才怪！有些书把他塑造成抗俄英雄，也不能讲不算，但反过来丑化噶尔丹甚至为民族背叛者，就有点牵强了。
噶尔丹要真是与沙俄谋划好的，1687年就动手了，干吗非要再等一年，到人家先下手为强时才行动呢？时间相类似，仅仅是个巧合罢了，诱发战争的因素不断积累，正好在戈洛文到来不久质变，而且质变的最直接推动者还不是噶尔丹。需要声明一点，沙俄侵略喀尔喀，更早以前就发生了，非始于戈洛文。
不过观这场战争，最需要关注的却不是噶尔丹，也不是他与沙俄的关系，而是咱们的康大帝。签订尼布楚条约（1689），优势下作出重大让步，割土地给人家，一般都被说成是因噶尔丹的叛乱。沙俄篇中有过论述，如今详观噶尔丹的第一次东征，更加清晰了。
首先叛从何来？大中华的体系下，当时准噶尔可是与大清并行的，就是噶尔丹征伐的喀尔喀也不属你康熙直管呀，吴三桂到能算得上，噶尔丹就风马牛不相及了。再重复一遍，大清只是中华的一部分，不是全部。
至于把割地责任推给别人，更是造康熙这个大神的人们惯用的伎俩，好的都是康大帝的，坏的都是人家的。噶尔丹第一次打喀尔喀，根本未侵犯大清疆域呀，说来与清廷并无直接关系，而且打胜了就主动撤回去了。康熙最后决定乘势收并喀尔喀，严格讲算是挑衅在先，起码在准喀之间没有保持中立。
这种心态，这种谋划，像是国家突遭大难，为此必须舍弃其他利益的样子吗？其实喀尔喀遭受沙俄入侵那么多年，清廷也没问过呢，就是日后尼布楚条约中形式上都没声援一下，前后标准不一也就算了，何必还要从中挑选一个作挡箭牌呢？
再说了，噶尔丹当年（1688）十月就撤军了，没有一点要侵大清的迹象，而据官方记载，康熙也未有发兵之想，只是希望他能撤军，准噶尔与喀尔喀能和睦相处，仅此而已，特别是噶尔丹撤回后，更没有针对他的什么专项行动呀，彼此暂时相安无事了。直到二十八年（1689）八月末，噶尔丹第二次东征，局势再趋混乱复杂也，可尼布楚条约签订时间是在同年七月二十四日呀，相差一个月，干吗要把人家拿来说事呢？怎么也讲不通呀？
当然还有更多方面可来佐证，康熙大优之下签了一个事实上不平等条约，怪不得别人，是他自己心甘情愿的，为了求得边疆的安定，损点失都在所不惜。真要说句大实话，噶尔丹的东征不是让大清赔了，而是让它大赚了，辽阔喀尔喀竟从此成为大清帝国不可分割的一部分了。
其实对这样的历史没必要遮遮掩掩，说开了反而更好，怎么啦？咱们已经够了不起了，证据够充分了，当喀尔喀包括西藏、新疆属于中国时，世界上还没美国呢！再远一点，当中国军队第一次来到贝加尔湖，当新疆第一次属于中国，如今的欧美国家一个都没从娘胎里出来呢！
清准终于接上火
且说东征大胜而归的噶尔丹，意气风发没得说啦，马鞭所指之处无不拜倒在他的脚下，名副其实的游牧之王啊，但俗话说得好，物极必反，盛极必衰吗。这不，他还没高兴几天呢，自家也闹起窝里反了，形势顿时大变。
原来他哥哥僧格的长子策妄阿拉布坦，长大成人后很是了得，与噶尔丹矛盾也很深。本来位子是咱老爸的，现在咱大了你也不让，心里够烦了，你还添油加醋，把咱未婚妻抢走了，又杀俺一个弟弟，是可忍，孰不可忍？结果，策妄阿拉布坦带着老爸的旧部5000人叛走科布多，还击败了噶尔丹亲率的2000追军，后控制了阿尔泰山以西的准噶尔地区，也噶尔丹分庭抗礼了。
噶尔丹实力严重受损，策妄阿拉布坦又切断了南疆与他的联系，经济支柱断了，大本营科布多的财政问题日益严峻起来。为改善经济危机，康熙二十八年（1689）八月末，噶尔丹亲领大军16000余人，兵分两路，长驱直入喀尔喀，发动了第二次东征。他收取了色楞格河右岸臣服于沙俄的喀尔喀部众，并向俄方做了严正声明，后因策妄阿拉布坦乘虚攻掠科布多，不得不于十月返回大本营。
同年十二月初，噶尔丹又率2万铁骑第三次东征喀尔喀，纵横驰骋，如入无人之境，但是强大的对手就要现身了，失败就要向他招手了。
起初，康熙是想和平解决准噶尔与喀尔喀争端的，注意不是大清与准噶尔的争端，因为噶尔丹之前根本就没有侵犯过大清的疆域，这也可间接证明尼布楚割让土地的真相了，康大帝再有和平友爱精神，也不会为了化人家的干戈为玉帛，而把自家最宝贵的财富土地送给别人吧。
噶尔丹雄心是想征服喀尔喀，自然不会答应，最后康熙决定动用武力，胜败未打已定也。准噶尔与大清本就不在一个层次上，综合实力相差巨大。策妄阿拉布坦的叛离又消弱了噶尔丹力量，这一次只有2万人马出征足见一二。道义上他也有点讲不过去，与第一次不同，现在大部分喀尔喀部众已归顺大清，你噶尔丹打它，就等于犯大清呀。还有康熙一直担心的沙俄可能援助噶尔丹的问题，通过尼布楚条约的签订，也解决了吗。
其实康大帝的提心很有点可笑，且不说俄国人是否会援助，就是援了又怎么样？自己的人马被清军围困在雅克萨五个月，不通过与清廷和谈都解不了围，他拿什么来给予噶尔丹坚强的援、有力的助呢？况一纸和约能束缚谁？沙俄这样侵略成性的家伙，除非能力不够、条件不足，谁能阻挡他征服的步伐？其最终没有推波助澜，不是和约，不是康熙的义正词严，而是在东亚他还不具备与大清抗衡的实力，得罪了反而更吃亏，干吗做这蠢事呢？尼布楚条约只会束缚大清，不会制约俄罗斯的，25万平方公里疆土可惜了。
康熙二十九年（1690）三月，清军先头部队两路齐发，挺进土拉河、克鲁伦河，欲左右夹击噶尔丹。六月二十一日，理藩院尚书阿喇尼，率左路2万人马与噶尔丹战于乌儿会河边，惨败而归，清军初战失利，是为乌儿会之战。当然喽，这绝不是康大帝的错，是阿喇尼违令轻战造成的，如按大帝的指示办哪会发生这样的事？阿喇尼，你也太不象话了，革原职降四级调用！
七月，康熙征调十几万大军兵分两路出塞，和硕裕亲王福全为抚远大将军，出古北口；和硕恭亲王常宁为安北大将军，出喜峰口。他自己也决定亲自出征，后因病停驻于博洛河屯（今河北承德隆化县），节制诸军。后四字很重要，往后的胜利便都是在他的英明领导之下了，遥控指挥吗。
八月一日，福全率大军与噶尔丹2万卫拉特军会战于离京城七百里的乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗境内）。噶尔丹据山林，隔河以“驼城”为障迎战，即用万峰骆驼布置一个环形营阵，士兵躲于驼峰后射击。清军隔河为阵，凭借火器优势，发动猛攻，击溃驼城，但卫拉特军兵少却勇，顽强抵抗，双方激战两日，清军也未能取胜，战事一时间处于胶着状态。
噶尔丹与随军达赖喇嘛使者济隆考虑长期被围，兵马粮草不济，不战自败也。遂由济隆携弟子70余人，八月四日下山，会见福全，为噶尔丹说项求和，一席话很动听，福全被打动，答应放行。当天晚上，噶尔丹带着剩余人马全身而退，此战是为乌兰布通之战。
噶尔丹在力量极为悬殊的情况下，最后能安然退出，也算不胜中的胜利吧，而清军却错失全歼敌军的好机会，等到福全醒悟过来，悔之晚矣。至于损失，双方都很惨重，康熙舅舅佟国纲也战死于疆场。真是很奇怪，清军并未胜呀，为何大多记载中都删繁就简，搞成噶尔丹大败溃逃了呢？
此战，康熙是花了心思的，组织了一个这么大的部队，却是这样一个结局，焉能不怒？福全、常宁因此被罢去议政并罚俸一年，福全还被撤去三佐领。但是噶尔丹北撤途中，军士穷困疲弊而亡者甚重，牲畜等尽失，加之战斗伤亡，以后回到科布多时只有几千人马了。回来之前，大本营又被侄子策妄阿拉布坦袭击过一次，噶尔丹真是雪上加霜，但他的血性没有丧失，拒不接受清廷的招降，实有英雄本色也。
纵观康熙一生的对手，吴三桂毫无疑问最为强劲，郑经可以说最难对付，而噶尔丹却最具英雄气质也最有点不自量力，明知山有虎偏向虎山行，精神可嘉，孰不知一般的概率都是被虎吃掉。
最后战败昭莫多
噶尔丹遇到了他发迹以来最艰难的时期，幸好西藏权臣第巴桑结嘉措，以达赖喇嘛（已经圆寂）的名义，多方给予支持。调解缓和其与策妄阿拉布坦的关系，这一点很重要，后者一直是康熙积极拉拢与噶尔丹作对的。又让青海和硕特部帮助噶尔丹，并拦杀清廷派往策妄阿拉布坦方面搞分化的使者。噶尔丹也积极发展农牧业生产，内外一结合，几年下来，他的大本营科布多又趋繁荣，恢复到乌兰布通战役前的水平，而他的雄心再次万丈了。
很奇怪，为何噶尔丹不先想办法搞定策妄阿拉布坦，再与清廷较量呢？这样有一个稳固的大后方，进可攻，退可守呀，以康熙的个性，是不会出师西域的，就是策妄阿拉布坦后来也跟他对着干，他也从没有这个打算吗。据此看来，只要后方稳定了，其实噶尔丹再怎么打，都不会败得倾家荡产，按游牧民族的特性，很快又能卷土重来，就像明前期的蒙古各部。永乐大帝就被此困扰，一心想灭掉蒙古而不可得，康熙雄心不大，机会却很好，遇到一个没有稳定后方的侵扰者，结果在被打击后，走投无路而亡，当然这都是后话了。
康熙三十四年（1695），噶尔丹亲率2万多卫拉特骑兵，第四次踏上东征喀尔喀的征程。这一次他吸取了乌兰布通战役的教训，采取与清持久作战的方针，也就是游击战与民心战相结合。敌少我战，敌众我退，敌退我袭；同时，切实做好群众工作，争取喀尔喀民心。
不过他忘了一点，再好的方针策略，归根结底还要以实力为后盾，你和人家差距这么大，又没有一个安稳的窝，搞什么都是白搭，运气好坚持长一点，反之，一战而亡，道理就这么简单。
康熙得知噶尔丹又卷土重来，决定御驾亲征，必其功于一役，彻底歼灭之，绝不再犯乌兰布通的错误了。三十五年（1696）二月，十几万清军三路并进，欲将噶尔丹夹击于土拉河一带。
西路军由抚远大将军费扬古率领出呼和浩特等地，直奔土拉（今蒙古乌兰巴托西南）；中路军由康熙亲统，出独石口北时，与费扬古约师于土拉；东路军则由黑龙江将军萨布素亲领开往克鲁伦河下游，严防卫拉特军东进。
据记载，行军途中，康熙事无巨细全部过问并指示到位，就像平三藩、收台湾、战雅克萨一样，大事小事，没有一件不是在他的英明领导下完成的，如果非要寻一点特殊，恐怕施琅平台海上打仗时，那时也没无线电通讯工具，派人坐船带大帝指示又不方便，可能具体战斗怎么打，细节方面是施琅自己做的主，其他大方面应该也是领受机宜的吧。反正不管怎么讲，史上再也没有一个军事统帅，能比咱康大帝厉害了。
这次清准10：1的大决战，更是康熙第一次真正亲征，自然伟大之处体现得更明显了，噶尔丹的所思所想所为，哪怕他的每一步行动，尽在康大帝的意料之中。噶尔丹？一个行劫小寇，有啥子远识吗？以为俺天兵不能即至，才敢窜犯，如知天兵已到，尤其知道俺来了，他还不立马远逃？我军即行追杀就行了，如他向土拉退去，费扬古又在那等着呢，必死无疑呀。
颇吃惊，这是经清官方过滤后的康大帝对大臣们讲的话，噶尔丹一代雄主竟被他说成一个打家劫舍没出息的小贼了。这么说吧，除了他拥有的帝国更强大，让他有底气看轻并十拿九稳打败别人外，有哪一样说对了？
具看噶尔丹是怎么面对清军进击的。一开始制订的战略方针就已说明他不是一个小寇了，接下来一一粉碎康熙自以为是的高招，只是实力差距太大了，到头来还是输。
清军三路出发前，康熙先后派多人到噶尔丹处，为的是羁縻一下，防其远逃，顺带侦察敌情，都被噶尔丹一一看穿。其中搞笑的是，一个被派去假投降的，没摸到真情报，反把噶尔丹放的烟雾弹给带了回去，敌“有兵二万，又借俄罗斯火器兵六万”（《平定朔漠方略》卷22），弄得康熙手下大臣们惊恐万分，当然康熙肯定泰然自若了。更搞笑的是，这句话日后竟被无数人拿来，作为噶尔丹就是卖国贼的一个有力证据。