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其实噶尔丹早料到清军三路而来，就是想在土拉河一带夹击围歼他，于是决定撤离土拉河，沿克鲁伦河至达尔罕敖拉一带驻扎，走前一把火烧掉土拉河布尔察克以南10余站内的草原，以绝西路军，康熙料事没如神呀。
康熙亲率中路军紧跟，为在西路军到来前稳住噶尔丹，以便中西两路夹击，又施了一个“美人计”，把从京城专门带来的长史多禅公主（与电视剧讲得完全不同吧），连同精美礼品一块送给他。
噶尔丹岂会中计，美人是收了，人也照走了，往哪去呢？又返回土拉河，准备与费扬古所率西陆军决战。五月十三日，两军会战于昭莫多（今蒙古乌兰巴托南宗英德），当年永乐大帝破阿鲁台的旧战场，清军人多，火器更优，东亚最先进大炮威力无穷，结局已然注定。一番激烈搏杀后，卫位特军大溃，死伤2000余人，噶尔丹的妻子阿努也中炮身亡，另有包括妇女等3000余人被俘。
昭莫多之战，大清平定噶尔丹最著名也是最后一次决战，但是战果及作用被严重夸大了，看看上面的数字，主力何曾尽失？历史记载有时过于简略，前说噶尔丹2万多人东征，也没打什么仗，与费扬古决战时只有万把人了，其他人到哪里去了？分兵把守他处了？途中伤病散失了？未知数！其实这场大战的规模远不能与乌兰布通之战相比，噶尔丹投入的兵力薄弱了，与清军悬殊也太大啦，这场仗不该打。
游牧失败是必然
且说噶尔丹，在50余骑拼死护卫下逃离战场后，沿途收扰失散部众，又达5000余人，并不比乌兰布通战后回到大后方的力量小，上次几年后便东山再起，这次为何不可以呢？但现实是残酷的，他不仅未能再起，还一蹶不振，穷途末路了。昭莫多影响还是很大的，军队伤亡不讲，败后部众的离心也随之产生，周边大环境肯定也更不利于失败者，不过最后败亡的根子倒并不在此。
自从策妄阿拉布坦叛离后，噶尔丹早已不是全准噶尔的大汗，甚至连战前的半个也算不上了。策妄阿拉布坦实际控制了准噶尔，前虽稍有缓和，毕竟还是对手，能不乘火打劫已算不错，他逃出了战场，却无大后方可回，这才是最根本的败亡因素啊。项羽无颜回江东，噶尔丹是想回却不敢回，生怕被侄子吞了去。他处呢？关系亲密的西藏路途太远不切实际，原臣属的哈密如今投靠了大清，与俄罗斯盟邦关系也只是传言胡扯型的，喝尔丹从未想过投靠。
因为讨论去处，大家意见不和，发生分歧，又有一帮人离去了，包任他的岳父察珲台吉和爱将丹津鄂木布（策妄阿拉布坦的弟弟，过去却站在叔叔一边）等，大败之后的众叛亲离，往往孪生兄弟也。噶尔丹带着剩下的3000人马继续着艰难困苦之行，部众不断丧失，前方一时半会也难见光亮，就在这种情况下，他仍坚拒康熙的招降，斗争到底，真乃难得之英雄好汉也。不过能屈能伸方为雄也，暂时低头，卧薪尝胆又有何不可？噶尔丹太过刚硬了，当然这个刚硬相比于软骨头,更应该受到称赞与歌颂，而不是贬低，甚至诬蔑。
为了铲除顽抗到底的噶尔丹,康熙决定发动第三次征讨。三十六年(1697)初，他亲赴宁夏指令费扬古、马思哈两路进兵，扼住噶尔丹可能逃亡青藏必经要道。三月，积劳成疾的噶尔丹最后跋涉迁居于阿察阿穆塔台，病情日益恶化，终于十三日病逝，享年53岁（1644～1697）。
康熙又一次战胜了对手，而且胜的是历代中原王朝都要面对的苦手～游牧铁骑，这为他的武功加分更多，秦皇汉武不过如此吗，实则大不一样也。前已多次论述，不再详叙，简单说一下康熙击败噶尔丹的主要因素。新时代新形势下，中原王朝对游牧民族的优势越发明显，包括军事上的。蒙古民族的分裂与衰落，只剩下窝里斗和东蒙古人血性的丧失了。历来中原王朝的前期，除北宋都能打败游牧民族的，大清也不例外。相比之下，噶尔丹实力较弱，最多也就二、三万人，参加昭莫多大战时仅万把人，堪称历代最不济的游牧对手，汉唐宋明谁不面对十万之众甚至更多呢？
还有极其关键的一点，清军拥有更为先进的火器，特别是大炮威力，对手远难相比。无论是乌兰布通还是昭莫多，都未出现大规模的骑兵冲杀，相反两军对垒打前阵的都是火器，战争方式已悄然改变也。游牧铁骑威力仍在，但早已不是明代以前那种叱咤光景了。
当然打了胜仗，作为大清无可争议的最高领袖，康熙有功劳呀，只是过于拔高就讨人厌了。其实任何一个正正常常的人，处在他那个位置上，都能带领东亚超级帝国去赢得这场战争胜利的。他的三次亲征，比起许多只愿待在京城里安享太平的帝王，确实要更令人倾佩，仅此而已。亲征并不能与杰出划等号，明武宗干过，打得也不错，没人赞扬过；明英宗也干过，土木堡之变，带来的却是耻辱；秦皇汉武从没干过，不失为一代伟大征服者。领袖就是领袖，看的不是细节，而是整体与结果，这才更能代表你的水平与成就。
至于康熙亲征的表现，只能说没有出彩的地方，很是一般般，说是三次，实则带兵上前线的只有一次，清军二征噶尔丹时。他亲领的中路军并没参加什么战斗，打垮噶尔丹的昭莫多之战也与他无关，那是人家费扬古带着西路军打赢的。当然圣祖实录之类说成靠着康大帝事先安排部署才打赢的，就无话可说，只好谁它去了。
倒是有一件事，可以怎么歌颂康大帝都不为过的，那就是漠北喀尔喀蒙古归属大清，一件大功业，真正的大功业。康熙不是一个有雄心壮志的帝王，从没想过要开疆拓土，问题是命运却总是给他这样的机会，你说幸也不幸？没有三藩之乱，会拿下台湾吗？噶尔丹不“闹事”，喀尔喀能归并吗？还有对西藏统治的巩固与加强，也有策妄阿拉布坦的“推动”呢，这以后会细讲。相比之，一代游牧枭雄噶尔丹只能仰天长叹，命运为何如此不公了。不过，结果才是最重要的，这功业被康熙实实在在拿了，他就是功臣，大大的功臣。
康熙二十七年（1688）秋，被噶尔丹击败的喀尔喀归附大清，乌兰布通大战后，清廷于三十年（1691）夏，集合内外蒙诸部在多伦诺尔（今内蒙多伦）会盟，康熙亲临主持，规模宏大，盛况空前，这就是历史上著名的多伦会盟。主要内容：喀尔喀诸部行政体制依内蒙49旗例，实行札萨克（旗）制，并分左中右三路；保留诸部首领汗号，汗王以下赐以满洲贵族封号；并令土谢图汗察珲多尔济等具疏请罪，以结束喀尔喀内部纷争；鉴于西藏方面一直暗中支持噶尔丹，遂打破黄教唯一中心在拉萨的局面，特封哲布尊丹巴为大喇嘛，掌管漠北黄教事务。
宗教乃是清廷于联姻外，对内外蒙古进行统治的另一有效举措。噶尔丹败亡后，喀尔喀返回漠北，康熙又拨银十万两兴建库伦庆宁寺，成为漠北宗教中心，后又捧起章嘉胡土克图掌管漠南教务，于是前藏、后藏、漠北和漠南教务，遂由达赖、班禅、哲布尊丹巴和章嘉分掌，消弱了达赖喇嘛对内外蒙古的影响，收到分而治之的效果。
漠北动荡之局终于结束，稳定之势却未持续多久，三十多年后，策妄阿拉布坦的儿子噶尔丹策零，又两次东征喀尔喀，没成想还未享受到噶尔丹的待遇，与清军交个手打个仗呢，就出人意料地被喀尔喀三音诺颜汗策凌打败了。顺便交待一下，平定噶尔丹后，康熙在土谢图与札萨克图两部中，增设了三音诺颜部，喀尔喀也由三部增为四部。
困扰中原数千年的游牧问题，并未因康熙击败噶尔丹而终解，只要准噶尔还在，就会依然持续下去，只不过斗争的方向改变了，漠北渐渐退出第一线，大西北与青藏高原变成了再次PK的主战场。
元后西藏小小史
噶尔丹逝后，策妄阿拉布坦正式成为准噶尔的领袖，他同样是一位勇健之主。在西藏权臣第桑巴结嘉措以“达赖喇嘛”名义的暗助下，一心要建立包括天山南北、青海、西藏、哈萨克、布鲁特及西迁土尔扈特等在内的雄伟大汗国。
起初，策妄阿拉布坦刚脱离噶尔丹时，合纵连横的需要，与清廷处得还不错，后来逐渐转淡，最终的理想追求不同吗。康熙曾希望他攻打噶尔丹，遭拒绝，平定噶尔丹后，也规劝他降顺大清，得到的结果又是“不”。为达此目的，康熙还曾设法挑拨土尔扈特阿玉奇汗与策妄阿拉布坦的关系，通过彼此争斗，削弱后者的力量，但没能得逞。大帝还派人去打探哈萨克与准噶尔相争的原因，希望什么不必多说了吧。可以说，策妄阿拉布坦逐渐成为康熙下一个对手，个人单挑有望胜，却和噶尔丹一样，起点较低，平台不足，注定了不会是胜者。
策妄阿拉布坦的大汗国自然要一步步来了，他先南征回疆，重并其于准噶尔，再两次出兵哈萨克，夺取了额尔齐斯河西岸及哈萨克草原的大片领土，势力扩张至锡尔河下游，同时积力寻求与土尔扈特的合并，准噶尔从此步入全盛时代。下一步，他的目光便投向了西藏与青海。看来与叔叔一样，终标目标还在东方，只是小方向上略有不同，也难怪，蒙古人吗，东方大中华的系统怎会脱离？
说到西藏与青海，噶尔丹时简略提及过，这次要略加详细的介绍一下了，因为它们将会是清廷与准噶尔争斗的主战场。
西藏从元朝开始正式纳入中国版图，当时教派宁立，势力最大者萨迦派（花教），噶举派（白教）几与之相当，另有宁玛（红教）、本布（黑教）等派。萨迦派被忽必烈封为“大宝法”的八思巴，创建了西藏第一个政教合一的萨迦地方政权，后噶举派推翻之，建立第司政权，也称帕竹政权。这时已到元末明初，第司政权从第二代法王开始，被明廷封为“灌顶国师”，当然其他教派凡赴京朝贡者也都授予相应法号。
明初，宗喀巴新创格鲁派（黄教），弟子克主节即第一世班禅，根敦珠巴即第一世达赖。根敦珠巴逝后，黄教学习噶举派“转世”相承制度，认定根敦嘉措（二世达赖）为其转世“灵童”，此为黄教第一个大活佛转世系统。
嘉靖年间，蒙古右翼土默特部首领著名的俺答汗，邀请索南嘉措（三世达赖）青海，赠其“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”尊号，“圣识一切”意“遍知一切”，“瓦齐尔达喇”梵文意“金刚持”，“达赖”蒙古语大海。“喇嘛”藏语上师。从此，便有了达赖喇嘛的称号，索南嘉措为三世达赖喇嘛，前两世为追认。万历十六年（1588），索南嘉措应邀赴京，不幸死于途中。
崇祯十年（1637）正月，卫拉特和硕特部顾实汗（固始汗）从新疆率部往占青海，后又攻占西康大部地区，十四年（1641），受五世达赖和四世班禅密诏，再入西藏，明年，推翻噶玛政权，支持五世达赖罗桑嘉措建立噶丹颇章政权。达赖自任法王，集西藏政教大权于一身，下设第巴一人，总理政事，首府拉萨，不过实际控制政务的还是顾实汗。
西藏与大清最早联系是在皇太极时期，顺治九年（1652）十二月，达赖亲率班禅等至京谒见顺治帝。清廷对这位藏蒙普遍信奉的黄教最高领袖，自然高度重视，予以隆重接待，并册封其为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，开启达赖喇嘛由中央政府册封之制。康熙时自然也不例外，对达赖等重视有加也。
错综复杂青藏局
康熙二十一年（1682），五世达赖罗桑嘉措去世，第巴桑结嘉措秘不发丧，选择一相貌酷似者假扮之，企图借机掌控西藏统治大权，抵制顾实汗之孙达赖汗的控制。
原来顾实汗生前将青藏和硕特部分为左右两翼，封给他的十个儿子。其中长子达延长居藏地，协助顾实汗管理西藏事务，汗位也由他继承；其余诸子皆在青海，因九子无嗣，一般合称为和硕特八台吉。
时间一长，这青藏之域便俨然有三大矛盾也。以桑结为代表的西藏地方势力与和硕特汗王之间矛盾最突出，住藏和硕特汗与青海八台吉们在顾实汗逝后的矛盾也不小，另外青海诸台吉们也时有磨擦。
这些矛盾都影响了青藏政局，特别是首当其冲的那一个。到桑结嘉措欲掌权时，顾实汗与子达延汗都已先后逝去，孙子达赖汗即位了。
桑结嘉措以达赖名义行事，外联噶尔丹，制衡达赖汗，并一再唆使前者与清廷对抗。康熙长时间也蒙在鼓里，不知真相，为了安抚西藏，还曾封他为土伯特王，与达赖分为政教领袖。
噶尔丹败亡后，桑结嘉措失去援手，声威大减。他暗助噶尔丹抗清和隐满达赖去世之举也真相大白，受到康熙责难，因表现得恭顺有加，康大帝又龙心大悦，对其宽大为怀了。
桑结嘉措在康熙三十六年（1697）终于公布了五世达赖死讯，并扶立年已十六岁的仓央嘉措为六世达赖，康熙予以承认，然其政敌不干了。和硕特部达赖汗子拉藏汗在位时，与桑结嘉措关系日益恶化，权争甚烈，终兵戎相见。康熙四十四年（1705），桑结嘉措兵败被杀，西藏一代权臣就这样告别了历史舞台。
拉藏汗获胜后，占据拉萨，废掉了仓央嘉措，另立自己的一个私生子益西嘉措为六世达赖，结果成为引发日后青藏局势大乱的导火索。康熙对这一事件没做过多考虑，像上次一样也予以承认，但西藏的贵族、喇嘛与民众却不承认，视之为假达赖。青海诸台吉也不相信，另奉噶桑嘉措为六世达赖。
这些青海台吉们当初与桑结嘉措的关系，就比与同血脉的和硕特汗好。噶尔丹与清廷相斗时，他们还曾按桑结嘉措以达赖名义的要求，暗中相助过呢。清廷获胜后，台吉们也有接受册封的，大体上与中央还是保持一致的，如今却因真假达赖问题（实为权力分争），与和硕特汗（现为拉藏汗）的矛盾大爆发了。
康熙咋做的呢？出面调解，坚决支持拉藏汗，封益西嘉措为达赖喇嘛，并遣侍郎赫寿前往西藏，协助拉藏汗办理事务，五十二年（1713）正月，又封五世班禅罗桑益喜为“班禅额尔德尼”，提升班禅与达赖同等地位，共助拉藏汗，稳定西藏大局。班禅是梵文“班智达”（学者）和藏文“禅保”（大）的简称，意为大学者；“额尔德尼”是满语“珍宝”的意思。
遗憾的是，局势的发展并未遂康熙的心愿，真假达赖之争越演越烈。康熙举措也有点失当，心向拉藏汗，一味压制反对势力，未取得效果，反而激化了矛盾，因为站在拉藏汗对立面的甚至包括了青藏各个阶层，上至贵族、高层喇嘛，下至一般喇嘛与民众，联盟至为广泛，事态的发展也就可想而知了。
在拉萨三大寺上层喇嘛暗中鼓动下，以察汗丹津、罗卜藏丹津为首的台吉们也磨刀霍霍，准备武力护送噶桑嘉措，前往拉萨坐床（并不是反清）。康熙得知后，赶紧增兵西宁，严令西宁护军统领晏布、四川提督康泰、松潘总兵程正李等做好征讨准备，暂时武力威摄住了待发之青藏内战。继而又对青海左右翼首领进行了重新调整，每翼都增设了几个部长，互不统属，以达到彼此牵制的目的。这一招有利有弊，确实进一步分化了青海诸台吉，但他们的矛盾也因此更加激化，日后雍正朝罗卜藏丹津（顾实汗之孙）的叛乱与此也有很大关系。
其实，真假达赖之争，更多是一场牵涉到宗教的各方权力纷争，而且主要矛盾还在顾实汗的子孙们中间，绝不是一场脱离清廷的叛乱。康熙完全不必强硬到底，坚决支持寡助的一方，什么结果？人心会失呀！暂时也许能起到作用，但解决不了根本问题。结果呢？由此引发的青藏大动荡，直到雍正年间才得到根治，康大帝给儿子丢了一个不小的包袱啊。
只是这以后的事哪有功夫去想哟，当务之急就够他烦得啦。青藏动荡迅猛间竟又上了一个更高层次，康熙原来担心的和硕特自家武斗，即使爆发也是小儿科了，一场更大的战争即将扑面而来。
以桑结嘉措老部下及拉萨三大寺上层喇嘛为代表的西藏地方势力，看到联合青海武力迎回噶桑嘉措的计划落空，便把希望寄托在了策妄阿拉布坦身上，向他发出了出兵相助的求援书。雄心勃勃的策妄阿拉布坦求之不得呢，青藏咱早就想拿了，缺得正是时机与借口，好啊，这下全来啦！